In Jülich befindet sich der Hauptsitz des Projektträgers Jülich. Hier arbeiten mehr als 850 Mitarbeitende. Umgesetzt werden die Forschungs- und Innovationsförderprogramme auf den Themengebieten Lebenswissenschaften, Energie, Werkstofftechnologien sowie die Landesprogramme für Nordrhein-Westfalen.
In Berlin-Mitte befindet sich die Hauptstadtrepräsentanz des Projektträgers Jülich. Hier arbeiten mehr als 500 Mitarbeitende. Umgesetzt werden die Forschungs- und Innovationsförderprogramme aus den Themengebieten Klimaschutz, Umwelt und Nachhaltigkeit sowie regionale Technologieplattformen, Technologietransfer und Unternehmensgründung sowie Schifffahrt und Meerestechnik.
In Rostock befindet sich die „maritime“ Repräsentanz des Projektträgers Jülich. Mit rund 40 Mitarbeitenden werden hier die Forschungs- und Innovationsförderprogramme auf den Themengebieten Meeres- und Polarforschung sowie Geowissenschaften umgesetzt.
In Bonn befindet sich die Bundesstadtrepräsentanz des Projektträgers Jülich. Rund 20 Mitarbeitende betreuen hier unter anderem die Nationale Kontaktstelle (NKS) Umwelt im Auftrag des Bundesministeriums für Bildung und Forschung (BMBF).